L’article analyse les transformations de la relation entre le Musée Goeldi et les Mebêngôkre (peuple amazonien mieux connu sous le nom de Kayapó), dans une perspective à long terme. Trois moments de cette relation sont détaillés : la transition du XIXe au XXe siècle, lorsque les institutions religieuses étaient des intermédiaires entre les indigènes et la société nationale brésilienne ; les années 1930, lorsque de nouveaux mouvements migratoires vers la région amazonienne menaçaient l’intégrité physique et territoriale de ce peuple ; et les années 1980-1990, lorsqu’un modèle de développement socio-environnemental a émergé qui reconnaissait le rôle des indigènes en Amazonie. L’article conclut en prônant l’importance de la recherche collaborative et de la muséologie participative au XXIe siècle, tant pour sa qualification scientifique que pour la valorisation des savoirs autochtones aux profondes répercussions politiques, sociales et environnementales.