L’ENS Vallée Javot occupe 70 hectares et constitue une véritable trame verte dont la majorité est recouverte de forêts mésophiles et friches. Les quelques prairies sous verger et ourlets calcicoles qui subsistent constituent les milieux les plus intéressants à préserver, voire à restaurer. L’analyse des bases de données HABITAT et FLORA du CBNBP ont permis d’identifier sur l’ENS de Vallée Javot : 8 types de végétation et 307 espèces végétales dont 4 espèces menacées d’après la liste rouge régionale. Dans ce secteur de la Brie humide où il n’existe pas vraiment de trame des pelouses sèches, ourlets et fourrés calcicole, ces végétations patrimoniales sont originales et la flore menacée associée est tout particulièrement à surveiller et préserver.