Large expert-curated database for benchmarking document similarity detection in biomedical literature search - MNHN - Muséum national d'Histoire naturelle
Article Dans Une Revue Database -Weston- Année : 2019

Large expert-curated database for benchmarking document similarity detection in biomedical literature search

Peter Brown (1) , Aik-Choon Tan , Mohamed El-Esawi , Thomas Liehr , Oliver Blanck , Douglas Gladue , Gabriel Almeida , Tomislav Cernava , Carlos Sorzano , Andy Yeung , Michael Engel , Arun Richard Chandrasekaran , Thilo Muth , Martin Staege , Swapna Daulatabad , Darius Widera , Junpeng Zhang , Adrian Meule , Ken Honjo , Olivier Pourret , Cong-Cong Yin , Zhongheng Zhang , Marco Cascella , Willy Flegel , Carl Goodyear , Mark van Raaij , Zuzanna Bukowy-Bieryllo , Luca Campana , Nicholas Kurniawan , David Lalaouna , Felix Hüttner , Brooke Ammerman , Felix Ehret , Paul Cobine , Ene-Choo Tan , Hyemin Han , Wenfeng Xia , Christopher Mccrum , Ruud Dings , Francesco Marinello , Henrik Nilsson , Brett Nixon , Konstantinos Voskarides , Long Yang , Vincent Costa , Johan Bengtsson-Palme , William Bradshaw , Dominik Grimm , Nitin Kumar , Elvis Martis , Daniel Prieto , Sandeep Sabnis , Said Amer , Alan Liew , Paul Perco , Farid Rahimi , Giuseppe Riva , Chongxing Zhang , Hari Devkota , Koichi Ogami , 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Adamo , Adebolajo Adeyemo , Maria Aggelidou , Adi Al-Owaifeer , Arwa Al-Riyami , Saeed Alzghari , Vibeke Andersen , Kathryn Angus , Muhammad Asaduzzaman , Hadi Asady , Dai Ato , Xiaoyong Bai , Rebecca Baines , Maghan Ballantyne , Bo Ban , Jill Beck , Walid Ben-Nafa , Emma Black , Antoine Blancher , Ron Blankstein , Neil Bodagh , Paulo Borges , Anastasia Brooks , Josue Brox-Ponce , Arturo Brunetti , Colin Canham , Piero Carninci , Richard Carvajal , Shun Chang , Jie Chao , Pranab Chatterjee , He Chen , Yi-Chun Chen , Adnan Chhatriwalla , Ibrahim Chikowe , Trees-Juen Chuang , Rosane Collevatti , Diego Valera-Cornejo , Ana Cuenda , Myriam Dao , Delphine Dauga , Zaian Deng , Kiran Devkota , Lisa Doan , Yaser Elewa , Dongsheng Fan , Mohammed Faruk , Shi Feifei , Trevor Ferguson , Francesco Fleres , Emma Foster , C Stephen Foster , Tzvi Furer , Yibo Gao , Enid Garcia-Rivera , Adi Gazdar , Ronald George , Sayantan Ghosh , Elena Gianchecchi , Joshua Gleason , Allan Hackshaw , Adam Hall , 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Peter Brown
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  • PersonId : 889926
Aik-Choon Tan
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Mohamed El-Esawi
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Thomas Liehr
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Oliver Blanck
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Gabriel Almeida
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Tomislav Cernava
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Carlos Sorzano
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Andy Yeung
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Michael Engel
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Arun Richard Chandrasekaran
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Thilo Muth
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Martin Staege
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Swapna Daulatabad
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Darius Widera
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Adrian Meule
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Zhongheng Zhang
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Ene-Choo Tan
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Ran Lyu
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Wayne Pullan
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Résumé

Abstract Document recommendation systems for locating relevant literature have mostly relied on methods developed a decade ago. This is largely due to the lack of a large offline gold-standard benchmark of relevant documents that cover a variety of research fields such that newly developed literature search techniques can be compared, improved and translated into practice. To overcome this bottleneck, we have established the RElevant LIterature SearcH consortium consisting of more than 1500 scientists from 84 countries, who have collectively annotated the relevance of over 180 000 PubMed-listed articles with regard to their respective seed (input) article/s. The majority of annotations were contributed by highly experienced, original authors of the seed articles. The collected data cover 76% of all unique PubMed Medical Subject Headings descriptors. No systematic biases were observed across different experience levels, research fields or time spent on annotations. More importantly, annotations of the same document pairs contributed by different scientists were highly concordant. We further show that the three representative baseline methods used to generate recommended articles for evaluation (Okapi Best Matching 25, Term Frequency-Inverse Document Frequency and PubMed Related Articles) had similar overall performances. Additionally, we found that these methods each tend to produce distinct collections of recommended articles, suggesting that a hybrid method may be required to completely capture all relevant articles. The established database server located at https://relishdb.ict.griffith.edu.au is freely available for the downloading of annotation data and the blind testing of new methods. We expect that this benchmark will be useful for stimulating the development of new powerful techniques for title and title/abstract-based search engines for relevant articles in biomedical research.
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Citer

Peter Brown, Aik-Choon Tan, Mohamed El-Esawi, Thomas Liehr, Oliver Blanck, et al.. Large expert-curated database for benchmarking document similarity detection in biomedical literature search. Database -Weston-, 2019, 2019, ⟨10.1093/database/baz085⟩. ⟨hal-02417238⟩
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